Sidste ordre starter, når Desty Novas nanoteknologi genopliver Alita i den flydende by Tiphares. Byens sorte hemmeligheder udsættes ondskabsfuldt, men det ser ud til at være en lille del af en verden, der er kompliceret. At gå ud i rummet med gamle og nye virksomheder for at lære mere om hendes glemte fortid og ligeledes for at lede efter sin mistede ven Lou Collins, er Alita fanget i en interplanetarisk kamp mellem solsystemets vigtigste kræfter, der blev koloniseret. Undervejs danner hun en alliance med tre af Alita-replikaerne, der nu er begyndt at tro på sig selv, en usmagelig superhacker, og Nova selv, når hun går ind i Zenith of Things-turneringen (ZOTT), en kampkonkurrence, der afholdes hvert 10. år. Inkluderet den måde, hvorpå Jorden optrådte fra en katastrofal vinter, der udslettede flertallet af offentligheden gennem hele fortællingen, vises mere historie om indstillingen af Battle Angel Alita, der ikke var blevet beskrevet i den tidligere streng.
