I 2065 er Jorden i centrum for en krig med yderligere dimensionelle rumvæsner kaldet Nova. De væbnede styrker udvikler og træner Pandoras, døtre, der kan gøre brug af specielt genetisk væv kaldet Stigmata (Seikon) for at vise overmenneskelige kampvåbensystemer og færdigheder. Støtte til Pandoras er mandlige partnere kaldet Limiters, der bruger særlige "frysende" beføjelser til at begrænse deres konkurrences frihed.
Enhver af disse begrænsere er Kazuya Aoi, hvis afdøde søster var en Pandora. Kazuya møder en stærk Pandora, Satellizer el Bridget, med tilnavnet den uberørbare dronning, på hendes uhyrlige stil og hendes ekstreme afefobi, mens hun deltog i West Genetics Academy i Japan. På trods af advarsler fra hans skolekammerater om at fjerne sig fra Satellizer er hun venner med Kazuya og anmoder om at være hendes Limiter. Satellizer giver sit samtykke til at omgås ham, selvom hun snart støder på en konkurrence i kærlighedsaffære ved navn Rana Linchen, der mener, at Kazuya er hendes soulmate efter at have støttet hende gennem flere kampe mod college-modstandere af skiftende stillinger og kurser. Når novaerne angriber deres college ved hjælp af Pandoras under deres kontrol for at få adgang til institutionens underjordiske laboratorium, er deres konkurrence væk.
Satellizer og Kazuya slutter sig til nogle få af West Genetics-eleverne i et laboratorium i Alaska, hvor de kan være sammen med Evolution Pandora (E Pandora) -opgaven, så normale kvinder får Stigmata-transplantationer til at blive Pandoras. Når en blandt E Pandoras går galt, udsteder de andre spørgsmålet om, hvorvidt medicinen i eksperimentet ikke er farlig, men er lavet til at adlyde forretningsorganisationens og lederens ønsker. Efter at have fundet ud af, at indtil de er blevet brugt, skal de bruges, E-Pandora Amelia Evans leder et oprør, der eskalerer til en fuld på Nova Clash.
Kazuya lærer mere om forbindelserne mellem sin familie og Nova såvel som Pandora. Kazuyas bedstefar Gengo Aoi fandt det samme job, som sætter Rana og Satellizer i et unikt team med kvinder kaldet Valkyries. Ikke desto mindre opleves vrangforestillinger gennem Pandoras gennem demonstrationsaktiviteten med specialdesignet Nova, der er dummy, såvel som dummy Novas bliver en legion af 100'erne Nova, der decimerer genetik. Gengo modvirker dette ved at frigøre de legendariske pandoras, der er tanterne i Kazuya. Chevalier-bestræbelsen på at myrde Gengo ved hjælp af flere fanger kaldte Busters, når nogle få af de legendariske pandoras skifter til dødelige novaer, men opgaven falder fra hinanden.
