Teenagekunstner Kaito Kuroba har en hemmelig identitet: Kaitou KID, en berømt internationalt kendt og ønsket "fantomtyv". Kaito tog identiteten efter en dag at opdage, at hans afdøde far var den oprindelige Kaitou KID. Senere opdager han, at hans far, der døde af en 'ulykke' under et magisk trick, virkelig blev myrdet, fordi han ikke ville stjæle juvelen Pandora til en ond organisation. Som Kaitou KID forsøger Kaito at finde Pandora før den organisation, der dræbte sin far, og ødelægge den, hvilket fører inspektør Nakamori og hans taskforce på de vildeste juvelruter, man kan forestille sig!
