Resumé
Historien følger Medaka Kurokami, en magnetisk og tiltalende førsteårs Hakoniwa Academy-elev, der er valgt til studenterrådets præsident med 98% af stemmerne. Hun adresserer disse andragender på sin upassende måde og med al hjælp med sin barndomskammerat Zenkichi Hitoyoshi indfører hun en forslagskasse. I løbet af fortællingen distribueres studenterrådets ledelsessteder af hende til andre elever som Mogana Kikaijima og Kouki Akune.
Studenterrådet lærer, at akademiets formand betyder at indlede et job til kraftigt at eksperimentere med rutinemæssige elever, Flask Plan, kaldet Normals, så du kan gøre dem til Abnormals, det er mennesker med overmenneskelige kræfter. Studenterrådet er i konflikt med andre elever, der er involveret i jobbet og infiltrerer skolens hemmelige laboratorium.
Kort efter udfordrer Misogi Kumagawa, der ønsker at erstatte Studenterrådet med en af sine egne af Medaka, til et mesterskab for Studenterrådet. Fra hans beføjelser er to elever uforseglede efter nederlaget for Kumagawa og afslutter deres transport til Hakoniwa Academy. De to har tendens til at være mere stærke end Abnormals og kaldes "Ikke lige". Deres leder, Anshin'in, truer med at genstarte Flask Plan, når Medaka er kvalificeret, hvilket får deres efterfølgere til at blive uddannet af Studenterrådet. Ikke desto mindre ville Anshin'ins nøjagtige strategi være at have status som studenterrådsformand for Zenkichi til at usurpere Medaka. Zenkichi lykkes og gør det under foregivelse af at forbedre studielivet. Han overbeviser Medaka om at tillade Flask Plan for de mennesker, der ikke er uvillige.
Medaka overtog sit ansvar som præsident for Studenterrådet og Medaka bliver snart involveret i et mesterskab for at bestemme sin mand. Medaka bliver vinder og vælger at gifte sig med Zenkichi, efter at de begge har bedt sig selv og går ind. Kort efter forlader nærkammeraten Hansode Shiranui fra Zenkichi skolen. Zenkichi og medaka finder ud af, at hun ender med at blive en anden vært for Iihiko Shishime, en 5000-årig væsen. Han er besejret af medaka og forsvinder efter at have holdt op med månen fra at kollapse mod jorden, blot for at dukke op igen i tide til årets afslutningstjeneste. Efter hendes tilbagevenden skal du antage sin fars position foran sin families virksomhedskonglomerat, Kurokami Group, for kun senere at vende tilbage, da den nye formand og Medaka beslutter at forlade akademiet. Ti år efter havde Zenkichi arbejdet sig op ad Kurokami-gruppen og blev en højtstående arbejder, inden han genforenede sig med hende, idet begge sværger for aldrig at blive splittet igen.