I AG 101 (det 101. år af Advanced Generation-kalenderen) angriber og ødelægger en mystisk enhed kun kendt som "UE" eller "ukendt fjende" rumkolonien Angel. Dette brutale angreb bliver berygtet som "Den dag, englen faldt", og markerer begyndelsen på menneskehedens krig for overlevelse. Serien begynder i AG 108, da UE angriber rumkolonien Ovan, hvor Flit Asuno nu bor, efter at han undslap kolonien Angel, før den blev ødelagt. Flits mor kort før hun bliver dræbt af UE, giver hun sin søn et objekt kaldet "AGE Device". Inden for det opdager han tegningerne for et magtfuldt våben fra fortiden - den gamle messias ved navn ”Gundam”.
Fra disse tegninger bruger Flit de næste par år på at studere teknik på en jordfederationsbase på Nora-rumkolonien og designe Gundam AGE-1. Syv år senere, i AG 115, afsluttede Flit Gundam AGE-1 Normal, ligesom UE angreb Nora, og brugte den til at hjælpe besætningen på Federationens slagskib "Diva" med at evakuere koloniens borgere, før den blev ødelagt. Flit er fast besluttet på at bringe kampen til UE for at ødelægge sit hjem to gange og accepterer at tjene hos Divas mobile dragtgruppe, der styrer Gundam. Efter at have opnået nok data og militær magt til at etablere et handlingsforløb, lancerede besætningen på Diva og deres allierede et vellykket angreb, der ødelagde UE's hemmelige fæstning i Ambat-asteroiden. Der lærer de, at UE faktisk er efterkommere af en angiveligt mislykket menneskelig mission sendt til kolonisering af Mars, efterladt til døde af Earth Federation, der dannede deres egen nation på den røde planet kaldet Veigan.
