Fra Wikipedia: Historien foregår i den moderne tidsalder og handler om Miharu Rokujou, som bare ville leve et normalt liv og arve en Okonomiyaki-restaurant. I øjeblikket var hans største problem den konstante plageri fra Kouichi Aizawa og Durandal Thobari Kumohira, som startede en Nindō (忍道?, lit. "Way of the Ninja")-klub. Miharu ville ikke have noget at gøre med "ninjaer" og afviser dem hver gang. Men snart bliver han angrebet af en egentlig gruppe ninjaer og er beskyttet af Kouichi og Kumohira. Der lærer Miharu om den skjulte ninjaverden Nabari, rollerne som hans klassekammerat og lærer i den verden og om den hemmelige kunst Shinra Banshou (森羅万象 Shinrabanshō?, lit. "alle ting i naturen") i ham. Den hemmelige kunst, der indeholder al verdens viden, er meget eftertragtet i Nabari. Og på grund af det kan Miharu ikke vende tilbage til sit normale liv. Han skal blive "Nabaris hersker" for at overleve. Fra Baka-opdateringer: Rokujou Miharu var en tilsyneladende modvillig ungdomsskoleelev, der levede i sin egen verden. Men i ham lurede Nabaris ultimative magt, "Almægtig". For at besidde et sådant suverænt våben, svor Ulveflokken af Iga at bringe Miharu tilbage til Iga-landsbyen. På den anden side var Miharus engelsklærer, Kumohira sensei, og klassekammerat, Kouichi, Banten-ninjaerne, hvis mission var at beskytte Miharu. En krig ført om ejerskabet af "Almægtig" startede således. For at overleve skal Miharu ind i den skjulte verden Nabari, for at blive kongen.
