Venus Versus Virus kredser om livet for de unge piger ved navn Sumire Takahana og Lucia Nahashi, som mødtes, da Sumire på mystisk vis opdagede Lucias hemmeligheder ved Venus Vanguard, en gruppe, der jager dæmoner kaldet "Virus" ledet af Lucias adopterede far Nahashi. Nu, mens de accepterer job fra folk, der finder Venus Vanguard-brochuren, kæmper de imod "Virusen", mens de søger deres sande rødder og motiver, og til det finder Lucia ud af, at Sumire kan være meget mere nyttig, end hun ser ud til.
