En pludselig stigning i ulige drab. En verden tæt på en ende giver anledning til en hidtil uset mesterdetektiv!!! Historien følger den motiverede detektiv Asano Misaki og hendes slappere partner Hijirihara Takumi. De arbejder i Special Crime Investigation Agency (SCI), som er ansvarlig for sager, der vurderes unormale eller bizarre. Midt i kapitel 3 i serien afsløres det, at Killer Killer faktisk er en officiel sidehistorie til Danganronpa-serien, der finder sted efter "Ultra Despair Girls - Danganronpa: Another Episode" og før "Super Danganronpa 2: Goodbye Despair Academy ”
