I år 2032 lider Jorden af en pludselig invasion af fremmede styrker. Der gik XNUMX år efter den begivenhed, og med kaos, der hersker over hele kloden, er den eneste måde at redde verden fra fuldstændig ødelæggelse på at overleve og kæmpe mod dem, der tvinger Jorden til fuldstændig udslettelse.
Black Rock Shooter (i spillet et "levende våben" betegnet med navnet BRS), er betroet ansvaret for at beskytte menneskeheden, og besidder evnerne til at kæmpe mod angriberne som det ultimative våben. Hun kommer frem fra ruinerne af San Francisco og er vidne til en samling af overlevende tropper, som bliver hendes støtte under hele hendes mission.
