På den afsondrede ø Rokkenjima, der ejes af den rige og magtfulde Ushiromiya-familie, begynder mystiske mord at finde sted som beskrevet på epitafiet af den gyldne heks Beatrice, hvis eksistens konstant er blevet nægtet af Battler Ushiromiya.
Da Beatrice misligholder en sejr mod Battler, mister hun viljen til at fortsætte og trækker sig. Mens Battler venter på, at hun vågner, ødelægger heksene Bernkastel og Lambdadelta spillepladen og skæbnerne for dem på Rokkenjima. Da Battler går ind i spillet igen for at tage spillepladen tilbage til Beatrice, opdager han, at omstændighederne har ændret sig.
I 1986 sluttede detektiv Erika Furudo sig til Rokkenjimas indbyggere, og nærmede sig mordene fra et "mystisk" perspektiv i modsætning til Battlers tilgang til "anti-fantasi" og benægtende magi. Da Erikas efterforskning begynder, dukker konsekvenserne af Natsuhi Ushiromiyas tidligere handlinger angående et tilbud fra familieoverhovedet, Kinzo, op.
